Van 2008 tot 2013 was er een samenwerkingsovereenkomst tussen de Gentse wijkgezondheidscentra en de Gezondheidsdienst van Stad Gent. Sinds 2011 werd hiervoor een subsidiereglement gehanteerd. Dit reglement bevatte eveneens een verdeelsleutel die bepaalde hoeveel middelen elk wijkgezondheidscentrum kreeg, naargelang de fase van ontwikkeling waarin het zich bevond. In de gemeenteraad van 18/12/2013 werd de Meerjarenbegroting 2014-2019 van Stad Gent goedgekeurd en werd beslist dat de wijkgezondheidscentra opnieuw middelen zouden krijgen. Hierbij werd door de Gezondheidsdienst in samenspraak met de wijkgezondheidscentra beslist om opnieuw met een overeenkomst te werken die de middelen gelijk verdeelt onder alle 9 centra, nl.:
De samenwerking tussen de Gezondheidsdienst en de Gentse wijkgezondheidscentra rond wijkgerichte gezondheidspromotie, past in de huidige operationele doelstelling om via intersectorale samenwerking in te zetten op een grotere toegankelijkheid van de gezondheidszorg en het versterken van de impact van gezondheidspromotie.
Het subsidiereglement wordt stopgezet op 31/12/2013 en wordt vervangen door een nieuwe hoofdovereenkomst. Nadat de meerjarenbegroting 2014-2019 was goedgekeurd in de Gemeenteraad van 18/12/2013, met daarin de bepaling van de middelen voor de wijkgezondheidscentra, werd de overeenkomst inhoudelijk onderhandeld tussen de Gezondheidsdienst en de wijkgezondheidscentra. Hierdoor kan deze nu pas aan de gemeenteraad voorgelegd worden. De nieuwe hoofdovereenkomst gaat retroactief in op 1/1/2014, zodat de vzw's ook kosten kunnen inbrengen vanaf die datum.